Преглед на кодот на Геномска библиотека

'''Геномска библиотека''' ― збирка од преклопени фрагменти на [[ДНК]] кои заедно ја сочинуваат вкупната [[Геном|геномска]] ДНК на еден [[организам]]. ДНК е складирана во состав од идентични вектори, од кои секој содржи различен додаток на ДНК. Со цел да биде изградена геномска библиотека, ДНК на организмот е извлекуван од [[Клетка|клетките]] и потоа е варен со [[рестрикционен ензим]] за да биде исечена ДНК-та во фрагменти со одредена големина. Фрагментите потоа се вметнувани во векторот користејќи [[ДНК-лигаза]].<ref name="isbn0-8053-9592-X">{{Наведена книга|title=Molecular biology of the gene|last=Losick, Richard|last2=Watson, James D.|last3=Tania A. Baker|last4=Bell, Stephen|last5=Gann, Alexander|last6=Levine, Michael W.|publisher=Pearson/Benjamin Cummings|year=2008|isbn=978-0-8053-9592-1|location=San Francisco}}</ref> Следно, векторската ДНК може да биде преземена од организам-домаќин - најчесто население на [[Escherichia coli|''Escherichia coli'']] или [[квасец]] - при што секоја [[клетка]] содржи само една векторска [[молекула]]. Користењето на клетка-домаќин за носење на векторот овозможува лесно [[Молекуларна генетика|засилување]] и пронаоѓање на специфични клонови од библиотеката за анализа.<ref name="isbn0-87969-577-3"/>

Достапни се неколку видови вектори со различни капацитети на вметнување. Општо земено, библиотеките направени од организми со поголеми [[Геном|геноми]] бараат вектори со поголеми внесови, а со тоа се потребни помалку векторски молекули за да биде направена библиотеката. Истражувачите можат да изберат вектор, исто така, земајќи ја предвид идеалната големина на внесот за да го најдат саканиот број на клонови неопходни за целосна покриеност на геномот.<ref name="isbn0-07-284846-4"/>

Геномските библиотеки најчесто се користени за секвенционирачки примени. Тие одиграле важна улога во целокупното секвенционирање на геномот на неколку организми, вклучувајќи го и [[Човечки геном|човечкиот геном]] и неколку [[Моделен организам|моделни организми]].<ref name="isbn0-87893-232-1"/><ref name="pmid23107919">{{Наведено списание|date=ноември 2012|title=Application of large-scale sequencing to marker discovery in plants|journal=J. Biosci.|volume=37|issue=5|pages=829–41|doi=10.1007/s12038-012-9253-z|pmid=23107919}}</ref>

== Историја ==
Првиот [[геном]] заснован на [[ДНК]] некогаш целосно секвенциониран бил постигнат од двократниот добитник на [[Нобеловата награда]], Фредерик Сенгер, во 1977 година. Сенгер и неговата група научници создале библиотека на [[Бактериофаг|бактериофагот]], phi X 174, за употреба во секвенционирањето на ДНК.<ref name="pmid870828">{{Наведено списание|date=февруари 1977|title=Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA|journal=Nature|volume=265|issue=5596|pages=687–95|bibcode=1977Natur.265..687S|doi=10.1038/265687a0|pmid=870828}}</ref> Важноста на овој успех придонесе за постојано зголемување на побарувачката за секвенционирање на геномите за истражување на генската терапија. [[Научник|Научниците]] сега можат да ги каталогизираат полиморфизмите во геномите и да ги истражат оние [[Кандидатски ген|кандидатски гени]] кои придонесуваат за [[болести]] како [[Паркинсонова болест]], [[Алцхајмерова болест]], [[мултипла склероза]], [[ревматоиден артритис]] и [[Дијабетес мелитус тип 1|дијабетес тип 1]].<ref name="pmid21533026">{{Наведено списание|year=2011|title=Shared molecular and functional frameworks among five complex human disorders: a comparative study on interactomes linked to susceptibility genes|journal=PLOS ONE|volume=6|issue=4|pages=e18660|bibcode=2011PLoSO...618660M|doi=10.1371/journal.pone.0018660|pmc=3080867|pmid=21533026|doi-access=free}}</ref> Овие се должат на напредокот на општогеномските студии за поврзување од способноста да бидат создавани и секвенционирани геномски библиотеки. Претходните студии за поврзување и кандидатски гени биле некои од единствените пристапи.<ref name="pmid21353194">{{Наведено списание|date=март 2011|title=Genome-wide association study identifies genetic variation in neurocan as a susceptibility factor for bipolar disorder|journal=Am. J. Hum. Genet.|volume=88|issue=3|pages=372–81|doi=10.1016/j.ajhg.2011.01.017|pmc=3059436|pmid=21353194}}</ref>

== Изградба на геномска библиотека ==
Изградбата на геномска библиотека вклучува создавање на многу рекомбинантни молекули на ДНК. [[Геном|Геномската]] [[ДНК]] на [[Организам|организмот]] е екстрахирана и потоа е варена со [[рестрикционен ензим]]. За организми со многу мали геноми (~10 kb), сварените фрагменти може да бидат одвоени со гелна електрофореза. Одделените фрагменти потоа може да бидат исечени и [[Клонирање|клонирани]] во векторот посебно. Меѓутоа, кога голем геном е варен со рестрикционен [[ензим]], има премногу фрагменти за поединечно акцизирање. Целиот сет на фрагменти мора да биде клониран заедно со векторот, а потоа може да дојде до раздвојување на клоновите. Во секој случај, фрагментите се врзувани во вектор кој е варен со истиот рестрикционен ензим. Векторот што ги содржи вметнати фрагменти од геномската ДНК потоа може да биде внесен во организмот-домаќин.<ref name="isbn0-8053-9592-X"/>

Подолу се чекорите за создавање геномска библиотека од голем геном:

# Екстрактирање и прочистување на ДНК.
# Варење на ДНК со рестрикционен ензим. Ова создава фрагменти кои се слични по големина, а секој содржи еден или повеќе [[гени]].
# Вметнете ги фрагментите од ДНК во вектори кои се исечени со истиот рестрикционен ензим. Користење на ензимот за ДНК-лигаза за да ги запечати фрагментите на ДНК во векторот. Ова создава голем [[Генетски фонд|фонд]] на рекомбинантни молекули.
# Овие рекомбинантни молекули ги презема [[Бактерии|бактеријата]] домаќин со преобразба, создавајќи библиотека на ДНК.<ref name="pmid11561720">{{Наведено списание|date=август 2001|title=Construction and characterization of a bacterial artificial chromosome library from chili pepper|journal=Mol. Cells|volume=12|issue=1|pages=117–20|doi=10.1016/S1016-8478(23)17070-1|pmid=11561720|doi-access=free}}</ref><ref name="pmid18428289">{{Наведено списание|date=мај 2001|title=Construction of bacterial artificial chromosome (BAC/PAC) libraries|journal=Curr Protoc Hum Genet|volume=Chapter 5|pages=5.15.1–5.15.33|doi=10.1002/0471142905.hg0515s21|pmid=18428289}}</ref>

Подолу е дијаграм на горенаведените чекори.
[[Податотека:Genomic_Library_Construction.png|мини|500x500пкс| Изградба на геномска библиотека.]]

=== Одредување на титарот на библиотеката ===
Откако ќе биде изградена геномска библиотека со вирусен вектор, како што е ламбда фагот, може да биде одреден титарот на библиотеката. Пресметувањето на титарот им овозможува на истражувачите приближно да утврдат колку заразни [[Вирус|вирусни]] [[честички]] биле успешно создадени во библиотеката. За да биде сторено ова, разредувањата на библиотеката се користени за преобразба на културата [[E. coli|''E. coli'']] со познати концентрации. Културите потоа се ставани на агарни плочи и се инкубирани преку [[ноќ]]. Бројот на вирусни плочи е броен и може да биде користен за пресметување на вкупниот број на заразни вирусни честички во библиотеката. Повеќето вирусни вектори исто така носат маркер кој овозможува [[Клонирање|клоновите]] што содржат внес да се разликуваат од оние што немаат внес. Ова им овозможува на истражувачите да го одредат и процентот на заразни вирусни честички кои всушност носат фрагмент од библиотеката.<ref name="isbn0-7637-3329-6">{{Наведена книга|title=Laboratory investigations in molecular biology|last=John R. McCarrey|last2=Williams, Steven J.|last3=Barton E. Slatko|publisher=Jones and Bartlett Publishers|year=2006|isbn=978-0-7637-3329-2|location=Boston}}</ref>

Сличен метод може да биде користен за титрирање на геномски библиотеки направени со невирусни вектори, како што се [[Плазмид|плазмиди]] и бактерискиот вештачки хромозом. Пробната[[ДНК-лигаза|лигација]] на библиотеката може да биде користена за да ја преобрази ''E. coli''. Преобразбата потоа се шири на агарни плочи и се инкубира преку ноќ. Титарот на преобразбата е одредуван со броење на бројот на колонии присутни на плочите. Овие вектори воглавно имаат изборен маркер што овозможува диференцијација на клоновите што содржат вметнување од оние што не содржат. Со правење на овој тест, истражувачите исто така можат да ја одредат ефикасноста на лигацијата и да направат прилагодувања по потреба за да бидат осигурани дека ќе го добијат саканиот број на клонови за библиотеката.<ref name="BAC Manual">{{Наведено списание|last=Peterson|first=Daniel|last2=Jeffrey Tomkins|last3=David Frisch|year=2000|title=Construction of Plant Bacterial Artificial Chromosome (BAC) Libraries: An Illustrated Guide|url=http://wheat.pw.usda.gov/jag/papers00/paper300/indexpage300.html|journal=Journal of Agricultural Genomics|volume=5}}</ref>

=== Библиотека за прегледување ===
[[Податотека:Blot_Hybridization.gif|лево|мини|500x500пкс| Хибридизација на размачкана колонија.]]
За да бидат изолирани клоновите што содржат региони од интерес од библиотеката, библиотеката мора прво да биде проверена. Еден метод на [[Скрининг (медицина)|преглед]] е хибридизација. Секоја преобразена [[клетка]]-домаќин на библиотеката ќе содржи само еден вектор со еден внес на [[ДНК]]. Целата библиотека може да биде поставена на филтер преку медиум. Филтерот и колониите се подготвувани за хибридизација и потоа се означувани со сонда.<ref name="pmid8661051">{{Наведено списание|date=јуни 1996|title=Construction and characterization of a human bacterial artificial chromosome library|journal=Genomics|volume=34|issue=2|pages=213–8|doi=10.1006/geno.1996.0268|pmid=8661051}}</ref> Целниот внес на ДНК од интерес, може да биде идентификуван со откривање како што е авторадиографија поради хибридизацијата со сондата како што е прикажано подолу.

Друг метод на преглед е со [[Полимераза верижна реакција|полимеразна верижна реакција]]. Некои библиотеки се чувани како [[Генетски фонд|фондови]] на клонови и прегледот со полимеразна верижна реакција е ефикасен начин да бидат идентификувани фондови кои содржат специфични клонови.<ref name="isbn0-87969-577-3"/>

== Видови вектори ==
Големината на [[Геном|геномот]] варира кај различни [[Организам|организми]] и векторот за клонирање мора да биде избран соодветно. За голем геном, треба да биде избере вектор со голем капацитет така што релативно мал број [[Клонирање|клонови]] се доволни за покривање на целиот геном. Сепак, често е потешко да биде карактеризиран внесот содржан во вектор со поголем капацитет.<ref name="isbn0-07-284846-4"/>

Подолу е табела со неколку видови вектори кои вообичаено се користени за геномски библиотеки и големината на внесот што воглавно ја поседува секој.
{| class="wikitable" border="1"
!Векторски вид
! Големина на внес (илјада основи)
|-
| [[Плазмид|Плазмиди]]
| до 10
|-
| Фаг ламбда (λ)
| до 25
|-
| Космиди
| до 45
|-
| Бактериофаг P1
| 70 до 100
|-
| P1 вештачки хромозоми
| 130 до 150
|-
| Бактериски вештачки хромозоми
| 120 до 300
|-
| Квасни вештачки хромозоми
| 250 до 2000
|}

=== Плазмиди ===
[[Плазмид|Плазмидот]] е двоверижна кружна [[молекула]] на  [[ДНК]] која најчесто е користена за молекуларно клонирање. Плазмидите обично се со должина од 2 до 4 килобазни парови (kb) и се способни да носат внесови до 15 kb. Плазмидите содржат потекло на репликација што им овозможува да се реплицираат внатре во [[Бактерии|бактеријата]] независно од [[Хромозом|хромозомот]]-домаќин. Плазмидите најчесто носат ген за [[Антибиотска отпорност|отпорност на антибиотици]] што овозможува избор на бактериски [[клетки]] кои го содржат плазмидот. Многу плазмиди исто така носат известувачки ген кој им овозможува на истражувачите да ги разликуваат клоновите што содржат вметнување од оние што не содржат.<ref name="isbn0-07-284846-4">{{Наведена книга|url=https://archive.org/details/genetics00lela_0|title=Genetics: from genes to genomes|last=Hartwell, Leland|publisher=McGraw-Hill Higher Education|year=2008|isbn=978-0-07-284846-5|location=Boston}}</ref>

=== Фаг ламбда (λ) ===
Фагот λ е двоверижен вирус на ДНК кој ја заразува ''[[Escherichia coli|E. coli]]''. [[Хромозом|Хромозомот]] на ламбдата е долг 48,5 kb и може да носи внесови до 25 kb. Овие внесови ги заменуваат несуштинските вирусни низи во хромозомот на ламбдата, додека [[Ген|гените]] потребни за создавање [[Вирус|вирусни]] честички и инфекција остануваат недопрени. Вметната ДНК се [[Репликација на ДНК|реплицира]] со вирусната ДНК; така, заедно се пакуваат во вирусни честички. Овие честички се многу ефикасни при инфекција и размножување што доведува до поголемо производство на рекомбинантните хромозоми на ламбда.<ref name="isbn0-07-284846-4"/> Сепак, поради помалата големина на внесот, библиотеките направени со ламбда фаг може да бараат многу клонови за целосна покриеност на [[Геном|геномот]].<ref name="Cloning Genomic DNA">{{Наведена мрежна страница|url=http://www.ucl.ac.uk/~ucbhjow/b200/Cloning_genomic_DNA.doc|title=Cloning Genomic DNA|publisher=University College London|accessdate=26 февруари 2024}}{{Мртва_врска|date=March 2024 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}{{Мртва врска|date=January 2017}}</ref>

=== Космиди ===
Космидните вектори се [[плазмиди]] кои содржат мал регион на ДНК на [[Бактериофаг|бактериофагот]] ламбда наречена cos-низа. Оваа низа овозможува космидот да биде пакуван во честички на ламбда бактериофагот. Овие честички - кои содржат линеаризиран космид - се внесувани во [[Клетка|клетката]]-домаќин со трансдукција. Откако ќе влезат во домаќинот, космидите кружат со помош на [[ДНК-лигаза|ДНК-лигазата]] на домаќинот и потоа функционираат како плазмиди. Космидите се способни да носат внесови со големина до 40 kb.<ref name="isbn0-87969-577-3"/>

=== Вектори на бактериофаг P1 ===
Векторите на бактериофагот P1 можат да носат внесови со големина од 70 – 100 kb. Тие започнуваат како линеарни [[молекули]] на [[ДНК]] спакувани во честички од [[Бактериофаг|бактериофагот]] P1. Овие честички се вбризгувани во сој на [[E. coli|''E. coli'']] што изразува кре рекомбиназа. Линеарниот P1 вектор станува кружен со рекомбинација помеѓу две loxP места во векторот. P1 векторите воглавно содржат [[ген]] за [[Антибиотска отпорност|отпорност на антибиотици]] и позитивен маркер за одбирање за да бидат разликувани клоновите што содржат внес од оние што не содржат. Векторите P1, исто така, содржат [[Плазмид|плазмиден]] репликон P1, кој гарантира дека само една копија од векторот е присутна во [[Клетка|клетката]]. Сепак, постои втор P1 репликон - наречен P1 литички репликон - кој е контролиран од индуциран [[Промотор (генетика)|промотор]]. Овој промотор овозможува засилување на повеќе од една копија на векторот по клетка пред екстракција на ДНК.<ref name="isbn0-87969-577-3"/>
[[Податотека:BAC_vector.jpg|десно|мини|400x400пкс| Вектор на бактериски вештачки хромозом.]]

=== P1 вештачки хромозоми ===
P1 вештачките хромозоми имаат особина и на P1 вектори и на бактериските вештачки хромозоми. Слично на векторите P1, тие содржат [[плазмид]] и литички репликон како што е опишано погоре. За разлика од векторите P1, тие не треба да бидат пакуваани во [[Бактериофаг|бактериофаготни]] честички за трансдукција. Наместо тоа, тие се внесувани во ''[[Escherichia coli|E. coli]]'' како кружни [[молекули]] на [[ДНК]] преку електропорација исто како што се бактериските вештачки хромозоми.<ref name="isbn0-87969-577-3">{{Наведена книга|title=Molecular cloning: a laboratory manual|last=Russell, David W.|last2=Sambrook, Joseph|publisher=Cold Spring Harbor Laboratory|year=2001|isbn=978-0-87969-577-4|location=Cold Spring Harbor, N.Y}}</ref> Исто така слични на бактериските вештачки хромозоми, тие се релативно потешко да бидат подготвени поради едно единствено потекло на репликација.

=== Бактериски вештачки хромозоми ===
Бактериските вештачки хромозоми се кружни [[молекули]] на [[ДНК]], обично со должина од околу 7 kb, кои се способни да држат внесови со големина до 300 kb. Векторите на бактериските вештачки хромозоми содржат репликон изведен од факторот F на [[E. coli|''E. coli'']], кој гарантира дека тие се одржувани на една копија по [[клетка]].<ref name="isbn0-87893-232-1"/> Штом внесот ќе биде поврзан во бактериски вештачки хромозом,  бактерискиот вештачки хромозом е внесуван во соеви со недостаток на рекомбинација на ''E. coli'' со електропорација. Повеќето вектори на бактериски вештачки хромозом содржат [[ген]] за [[Антибиотска отпорност|отпорност на антибиотици]] и исто така позитивен маркер за одбирање.<ref name="isbn0-87969-577-3"/> Сликата десно прикажува вектор на  бактериски вештачки хромозом, кој е сечен со [[рестрикционен ензим]], проследено со вметнување на туѓа ДНК која повторно е анелирано со [[ДНК-лигаза|лигаза]]. Воглавно, ова е многу стабилен вектор, но можеби е тешко да бидат подготвени поради едно единствено потекло на репликација исто како и P1 вештачките хромозоми.

=== Квасни вештачки хромозоми ===
Квасните вештачки хромозоми се линеарни [[молекули]] на [[ДНК]] кои ги содржат потребните особини на автентичниот [[хромозом]]  на [[квасец]], вклучувајќи теломери, [[центромер]] и потекло на репликација. Големите внесови на ДНК може да бидат врзани во средината на квасните вештачки хромозоми, така што има „рака“ на квасниот вештачки хромозом на двете страни на внесот. Рекомбинантниот квасен вештачки хромозом се внесуван во квасец преку преобразба; избираните маркери присутни во квасниот вештачки хромозом овозможуваат идентификација на успешни трансформанти. Квасните вештачки хромозоми може да чуваат внесови до 2000 kb, но повеќето библиотеки на квасен вештачки хромозом содржат внесови со големина од 250-400 kb. Теоретски не постои горна граница за големината на внесот што може да ја носи квасниот вештачки хромозом. Квалитетот во подготовката на ДНК што е користен за внесови е тој што ја одредува границата на големината.<ref name="isbn0-87969-577-3"/> Најпредизвикувачкиот аспект на користењето  квасен вештачки хромозом е фактот дека тие се склони кон преуредување.

== Како да биде избран вектор ==
Одбирањето вектори бара еден за да осигура дека направената библиотека е претставителна за целиот [[геном]]. Секој додаток на геномот добиен од [[рестрикционен ензим]] треба да има еднакви шанси да биде во библиотеката во споредба со кој било друг внес. Понатаму, рекомбинантните [[молекули]] треба да содржат доволно големи внесови за да биде осигурано дека големината на библиотеката може лесно да биде ракувано. Ова е особено определено од бројот на [[Клонирање|клонови]] што треба да се имаат во библиотеката. Бројот на клонови за да биде добиен примерок од сите [[гени]] е одредуван според големината на геномот на [[Организам|организмот]], како и просечната големина на внесот. Ова е претставено со [[Формула|формулата]] (исто така позната како Карбон-Кларкова формула):<ref>{{Наведена мрежна страница|url=http://users.wmin.ac.uk/~redwayk/lectures/gene_libraries.htm|title=Gene libraries|archive-url=https://web.archive.org/web/20130331122119/http://users.wmin.ac.uk/~redwayk/lectures/gene_libraries.htm|archive-date=2013-03-31|accessdate=26 февруари 2024}}</ref>

<math>N=\frac{ln (1-P)}{ln (1-f)}</math>

каде,

<math>N</math> е потребниот број на рекомбинанти<ref>{{Наведена мрежна страница|url=http://www.mikeblaber.org/oldwine/bch5425/lect28/lect28.htm|title=Genomic Libraries|last=Blaber|first=Michael|accessdate=26 февруари 2024|archive-date=2015-05-13|archive-url=https://web.archive.org/web/20150513050011/http://www.mikeblaber.org/oldwine/bch5425/lect28/lect28.htm|url-status=dead}}</ref>

<math>P</math> е посакуваната веројатност дека кој било фрагмент во геномот ќе се појави барем еднаш во создадената библиотека

<math>f</math> е фракциониот дел од геномот во една рекомбинантна

<math>f</math> понатаму може да се покаже дека е:

<math>f=\frac{i}{g}</math>

каде,

<math>i</math> е големината на внесот

<math>g</math> е големината на геномот

Така, зголемувањето на големината на внесот (по избор на вектор) ќе овозможи помалку клонови потребни за претставување на геномот. Пропорцијата на големината на внесот наспроти големината на геномот го претставува делот на соодветниот геном во еден клон. Еве ја равенката со сите разгледани делови:

<math>N=\frac{ln (1-P)}{ln (1-\frac{i}{g})}</math>

=== Пример за избор на вектор ===
Горенаведената [[формула]] може да биде користена за да биде одредено нивото на доверба од 99% дека сите низи во [[Геном|геномот]] се претставени со користење на вектор со големина на вметнување од дваесет илјади базни парови (како што е векторот на фагот ламбда). Големината на геномот на [[Организам|организмот]] е три милијарди базни парови во овој пример.

<math>N=\frac{ln (1-0.99)}{ln [1-\frac{2.0\times10^4 basepairs}{3.0\times10^9 basepairs}]}</math>

<math>N=\frac{-4.61}{-6.7\times10^{-6}}</math>

<math>N=688,060</math> клонови

Така, потребни се приближно 688.060 клонови за да биде обезбедена 99% веројатност дека дадена низа на [[ДНК]] од овој геном од три милијарди базни парови ќе биде присутна во библиотека со помош на вектор со големина на вметнување од дваесет илјади базни парови.

== Примени ==
Откако ќе биде создадена библиотека, [[Геном|геномот]] на еден [[организам]] може да биде секвенциониран за да биде разјаснето како [[Ген|гените]] влијаат на организмот или да се споредат слични организми на ниво на геном. Гореспоменатите општогеномски студии за поврзување можат да идентификуваат [[Кандидатски ген|кандидатски гени]] кои произлегуваат од многу функционални особини. Гените може да бидат изолирани преку геномски библиотеки и да бидат користени на [[Човек|човечки]] [[Клетка|клеточни]] линии или [[Животни|животински]] модели за понатамошно истражување.<ref name="pmid22285925">{{Наведено списание|date=април 2012|title=An arrayed human genomic library constructed in the PAC shuttle vector pJCPAC-Mam2 for genome-wide association studies and gene therapy|journal=Gene|volume=496|issue=2|pages=103–9|doi=10.1016/j.gene.2012.01.011|pmc=3488463|pmid=22285925}}</ref> Понатаму, создавањето [[Клонирање|клонови]] со висока верност со точна претстава на геномот и без проблеми со стабилноста, добро ќе придонесе како посредници за секвенционирањето со „сачмарка“ или проучување на целосни гени во функционалната анализа.<ref name="pmid18428289"/>

=== Хиерархиско секвенционирање ===
[[Податотека:Whole_genome_shotgun_sequencing_versus_Hierarchical_shotgun_sequencing.png|десно|мини|350x350пкс| Секвенционирање со „сачмарка“ на целиот геном наспроти хиерархиско секвенционирање со „сачмарка“.]]
Една главна употреба на геномските библиотеки е хиерархиското секвенционирање со „сачмарка“, кое исто така е нарекувано секвенционирање „од горе-надолу“, „засновано на карта“ или „клон-по-клон“. Оваа стратегија била развиена во 1980-тите за секвенционирање на цели [[Геном|геноми]] пред да бидат достапни техники за секвенционирање со висока пропусна моќ. Поединечните [[Клонирање|клонови]] од геномските библиотеки може да бидат исечени на помали фрагменти, обично од 500bp до 1000bp, кои се попогодни за секвенционирање.<ref name="isbn0-87893-232-1">{{Наведена книга|url=https://archive.org/details/primerofgenomesc00greg_0|title=A primer of genome science|last=Muse, Spencer V.|last2=Gibson, Greg|publisher=Sinauer Associates|year=2004|isbn=978-0-87893-232-0|location=Sunderland, Mass}}</ref> Откако ќе биде секвенциониран клон од геномска библиотека, низата може да биде користи за прегледување на библиотеката за други клонови кои содржат внесови кои се преклопуваат со секвенционираниот клон. Сите нови клонови кои се преклопуваат потоа може да бидат секвенционирани и да образуваат контиг. Оваа техника, наречена хромозомско одење, може да биде искористена за да бидат секвенционирани цели [[хромозоми]].<ref name="isbn0-87969-577-3"/>

Секвенционирањето со „сачмарка“ на целиот геном е уште еден метод за секвенционирање на геномот кој не бара библиотека на вектори со висок капацитет. Наместо тоа, тој користи [[Сметач|сметачки]] [[алгоритми]] за да собере кратки низи за читање за да го покрие целиот геном. Поради оваа причина, геномските библиотеки често се користени во комбинација со секвенционирање со „сачмарка“ на целиот геном. Може да биде создадена карта со висока резолуција со секвенционирање на двата краја на внесовите од неколку клонови во геномска библиотека. Оваа карта обезбедува низи на познати растојанија една од друга, што може да биде користена за да помогне во составувањето на читањата на низите добиени преку секвенционирање со „сачмарка“.<ref name="isbn0-87893-232-1"/> Низата на [[Човечки геном|човечкиот геном]], која била прогласена за целосна во 2003 година, била составена со помош на библиотека на бактериски вештачки хромозом и секвенционирање со „сачмарка“.<ref name="pmid21698376">{{Наведено списание|date=ноември 2011|title=Sequencing technologies and genome sequencing|journal=J. Appl. Genet.|volume=52|issue=4|pages=413–35|doi=10.1007/s13353-011-0057-x|pmc=3189340|pmid=21698376}}</ref><ref name="pmid12702850">{{Наведено списание|last=Pennisi E|author-link=Елизабет Пенизи|date=април 2003|title=Human genome. Reaching their goal early, sequencing labs celebrate|journal=Science|volume=300|issue=5618|pages=409|doi=10.1126/science.300.5618.409|pmid=12702850|doi-access=free}}</ref>

=== Општогеномски студии за поврзување ===
Општогеномските студии за поврзување се општи примени за пронаоѓање специфични цели на [[гени]] и полиморфизми во [[Човек|човечката]] раса. Всушност, [[Проект|проектот]] „International HapMap“ бил создаден преку партнерство на [[научници]] и агенции од неколку земји за да ги каталогизираат и искористат овие податоци.<ref name="urlHapMap Homepage">{{Наведена мрежна страница|url=http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/|title=HapMap Homepage}}</ref> Целта на овој проект е да бидат споредени генетските низи на различни поединци за да бидат разјаснети сличностите и разликите во [[Хромозом|хромозомските]] региони.<ref name="urlHapMap Homepage" /> Научниците од сите земји-учеснички ги каталогизираат овие атрибути со податоци од [[население]] од [[Африка|африканско]], [[Азија|азиско]] и [[Европа|европско]] потекло. Ваквите општогеномски проценки може да доведат до понатамошни [[Дијагноза|дијагностички]] и терапии со [[лекови]], истовремено помагајќи им на идните работни групи да се насочуваат и да имаат на ум, создавање на терапевтски препарати со генетски особини. Овие концепти веќе се користени во [[Генетско инженерство|генетското инженерство]].<ref name="urlHapMap Homepage" /> На пример, истражувачка група всушност конструирала двофункционален вектор на P1 вештачки хромозом кој создава библиотека што претставува двократна покриеност на [[Човечки геном|човечкиот геном]].<ref name="pmid22285925"/> Ова би можело да послужи како неверојатен ресурс за да бидат идентификувани гени, или збирки гени, кои предизвикуваат [[болест]]. Згора на тоа, овие студии можат да послужат како моќен начин за истражување на [[Транскрипција (генетика)|транскрипциската]] регулација, како што е забележано во студијата за бакуловирусите.<ref name="pmid19791511">{{Наведено списание|year=2009|title=Construction and application of a baculovirus genomic library|journal=Z. Naturforsch. C|volume=64|issue=7–8|pages=574–80|doi=10.1515/znc-2009-7-817|pmid=19791511|doi-access=free}}</ref> Воглавно, напредокот во изградбата на библиотеката на геномот и [[Секвенцирање на ДНК|секвенционирањето на ДНК]] овозможи ефикасно откривање на различни [[Молекула|молекуларни]] цели.<ref name="pmid23107919"/> Претопувањето на овие особини преку такви ефикасни методи може да го забрза измислувањето нови кандидати за [[лекови]].

== Наводи ==
{{Наводи}}

== Дополнителна книжевност ==
{{Наведена книга|title=Essentials of Genetics|last=Klug, Cummings, Spencer, Palladino|publisher=Pearson|year=2010|isbn=978-0-321-61869-6|pages=355–264}}

== Надворешни врски ==

* [http://www.biost.com/page/Arrayed.aspx Структура на геномска библиотека на бактериски вештачки хромозом]
[[Категорија:Молекуларна биологија]]
[[Категорија:ДНК]]
[[Категорија:Геномички технички]]
[[Категорија:Геномски бази на податоци]]